通過光線移動，而標本不動進行掃描的共聚焦顯微鏡對生物學標本更具有實用價值，大多數(shù)科研顯微鏡采用的就是這種方式。顯微鏡的種類有很多，常見的有：光學顯微鏡、電子顯微鏡、探針顯微鏡等。光學顯微鏡又有多種分類方法：按使用目鏡的數(shù)目可分為雙目和單目顯微鏡；按圖像是否有立體感可分為立體顯微鏡和非立體視覺顯微鏡；按觀察對像可分為生物和金相顯微鏡等；按光學原理可分為偏光，相襯和微差干涉對比顯微鏡等；按光源類型可分為普通光、熒光、紅外光和激光顯微鏡等；按接收器類型可分為目視、攝影和視頻顯微鏡等。電子顯微鏡又可分為掃描電子顯微鏡、透射電子顯微鏡等。探針顯微鏡，產品又包括掃描隧道顯微鏡、原子力顯微鏡、橫向力顯微鏡等。